Ang mga bundok ng Pilipinas ay tahanan ng isang napakayamang biodiversity. Dito matatagpuan ang iba't ibang uri ng halaman at hayop na hindi matatagpuan sa ibang bahagi ng mundo. Ang mga bundok ay nagsisilbing kanlungan para sa mga endangered species at mahalagang bahagi ng ekosistema.
Ang flora ng mga bundok ay binubuo ng iba't ibang uri ng puno, halaman, lumot, at pako. Kabilang dito ang mga puno ng narra, mahogany, at yakal, pati na rin ang mga orchid, rhododendron, at pitcher plants. Ang mga halaman sa bundok ay may kakayahang umangkop sa malamig na klima at mabato na lupa.
Ang fauna ng mga bundok ay binubuo ng iba't ibang uri ng hayop, tulad ng mga ibon, mammals, reptiles, at amphibians. Kabilang dito ang mga Philippine eagle, tarsier, deer, wild boar, at iba't ibang uri ng ahas at palaka. Ang mga hayop sa bundok ay may mahalagang papel sa pagpapanatili ng balanse ng ekosistema.
Ang pag-aaral ng flora at fauna ng mga bundok ay nagbibigay sa atin ng mas malalim na pag-unawa sa kahalagahan ng kalikasan at sa pangangailangan na pangalagaan ito. Ang mga bundok ay hindi lamang magagandang tanawin, kundi mahalagang bahagi ng ating pamana at kinabukasan.