Ang kasaysayan ng relihiyon sa Pilipinas ay isang komplikado at mayamang tapestry na hinabi ng mga katutubong paniniwala, impluwensya ng kolonyalismo, at ang pag-usbong ng mga bagong pananampalataya. Ang pag-unawa sa kasaysayang ito ay mahalaga sa pag-unawa sa kultura, lipunan, at identidad ng mga Pilipino.
Bago pa man dumating ang mga Espanyol, ang mga katutubo sa Pilipinas ay mayroon nang sariling sistema ng paniniwala na nakasentro sa pagsamba sa mga anito o espiritu ng kalikasan. Ang mga anito ay pinaniniwalaang naninirahan sa mga puno, ilog, bundok, at iba pang natural na elemento. Ang mga ritwal at seremonya ay isinasagawa upang mapanatili ang harmoniya sa pagitan ng mga tao at ng mga espiritu.
Ang pagdating ng mga Espanyol noong ika-16 na siglo ay nagdala ng Kristiyanismo sa Pilipinas. Sa pamamagitan ng misyonero at kolonisasyon, ang Kristiyanismo ay naging dominanteng relihiyon sa bansa. Gayunpaman, ang mga katutubong paniniwala ay hindi ganap na nawala, kundi naghalo sa Kristiyanismo, na nagresulta sa isang natatanging anyo ng pananampalataya na kilala bilang 'folk religion'.
Sa paglipas ng panahon, ang iba pang mga relihiyon, tulad ng Islam at Budismo, ay dumating din sa Pilipinas. Ang Islam ay kumalat sa mga katimugang bahagi ng bansa, habang ang Budismo ay nagkaroon ng impluwensya sa mga rehiyon na malapit sa Tsina. Ang pagkakaroon ng iba't ibang relihiyon sa Pilipinas ay nagpapakita ng pagiging bukas ng bansa sa iba't ibang kultura at paniniwala.